В начале 2006 года на законодательном уровне была зафиксирована важность не только силового подавления терроризма, но и выстраивания комплексной работы, объединяющей собственно борьбу с данной угрозой, а также ее профилактику, минимизацию и ликвидацию последствий террористической деятельности. Таким образом было обеспечено формирование принципиально новой общегосударственной системы противодействия терроризму, аналога которой в мире не было.
Указом Президента России от 15 февраля 2006 года № 116 «О мерах по противодействию терроризму» и Федеральным законом от 6 марта 2006 года № 35-ФЗ «О противодействии терроризму» было закреплено создание общегосударственной системы противодействия терроризму.
Ключевая роль в этой системе отведена Национальному антитеррористическому комитету, который координирует и организует межведомственное взаимодействие.
Национальный антитеррористический комитет осуществляет свою деятельность через антитеррористические комиссии в субъектах Российской Федерации, созданные для координации деятельности территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти по профилактике терроризма, а также по минимизации и ликвидации последствий его проявлений.